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前沿 | 测序新技术提供基因表达高精数据-凯发k8一触即发

2022-06-28 09:06:35 14

最近,日本东京理科大学的一个研究小组开发了一种新改进的单细胞rna测序(scrna-seq)技术。这种新方法,即终止子辅助固相互补dna(cdna)扩增和测序(tas-seq),使用简单的材料和设备,提供了比当前广泛使用的技术更精确的单细胞rna测序数据。研究人员表示,新技术结合了遗传检测灵敏度、反应效率的稳健性和细胞组成的准确性等特性,使研究人员能够捕获重要的细胞信息。这项研究发表在27日的《通讯生物学》杂志上。

单细胞rna测序的出现为医学和生物学领域带来了革命性的变化,它提供了一次研究数千个细胞内部工作的能力。但单细胞rna测序方法在确定细胞成分方面,存在潜在的不准确性和低效的cdna扩增。

新的tas-seq技术使用一种称为末端转移酶(tdt)的不依赖于模板的酶来进行cdna扩增。但tdt很难处理。为了克服这一挑战,研究小组利用双脱氧核苷酸磷酸(ddntp)作为cdna扩增反应的“终结者”,极大地降低了tdt反应的技术难度。

tas-seq还使用了基于纳米孔的单细胞rna测序平台,该平台允许分离组织样本中的单个细胞,从而减少细胞采样偏差并提高细胞组成数据的准确性。

研究小组随后验证了tas-seq的效率,并将其与目前广泛使用的单细胞rna测序技术、10x chromium v2和smart-seq2进行了比较,其中使用了小鼠和人类肺组织样本。他们发现,与主要的scrna-seq平台相比,tas-seq不仅可检测到更多的整体基因,还可识别更多高度可变的基因。

领导该研究的七野诚之助理教授说:“我们发现tas-seq在基因检测灵敏度和基因丢失率方面可能优于10x chromium v2和smart-seq2,这表明tas-seq可能是最灵敏的高通量scrna方法之一。我们可更均匀地检测各种表达水平的基因,也可更有力地检测生长因子和白细胞介素基因。”

新方法的另一个优点是tas-seq不太容易受到批次效应的影响。tas-seq数据也与组织样本上的流式细胞仪数据高度相关,表明它可以生成高度准确的细胞组成数据。

谈到未来,七野诚之助理教授透露:“我们已经完成了tas-seq2的开发,这是对tas-seq的一个改进的、经过广泛优化的版本。在小鼠脾细胞中,tas-seq2的基因检测灵敏度要高1.5到2倍。”

单细胞rna测序是医学和生物学研究的重要工具。tas-seq和tas-seq2的开发将引领新的疾病治疗靶点的发现,并在同样依赖于固相cdna合成的“空间转录学”领域取得进展。它还将加快单细胞组学技术的发展,从而促进人们对生物学和疾病发生发展原理的了解。(来源:科技日报)

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